Susan被将军“处死”

一开始，Michael现身在一家旅店，墙上像第一季开始时布满了剪报、照片和标签。画外音已经显示Michael此时以为Sara死了，所以要开始对公司的复仇计划。

美国加州，女魔头Gretchen（Susan）、渔夫Whistler和Mahone坐着同一辆车来到一个酒店，Whistler为了一个电子存储卡而在交易时杀了2人。Michael尾随用枪拦住了Gretchen和Whistler，但Gretchen告诉他Sara还活着，最后Michael放走了Susan和Whistler。

Gretchen向公司的幕后老大、“将军”汇报，结果“将军”告诉她电子存储卡是假的，基于一直以来的不满，“将军”想让一个黑人杀手Wyatt干掉她（但镜头并没有显示她是否真的被干掉了）。

Whistler离奇被枪杀

Lincoln、Sofia和LJ三人依然在巴拿马。Lincoln告诉Michael说Sona监狱在一场骚乱之中给烧成了平地。

T-Bag、Sucre和Bellick三人下落不明。Michael暂时不想和他们三人会合，而是选择了寻找Sara是否还活着的真相之路。

Sucre和Bellick最后在美国和墨西哥边境被Bellick的妈妈接走了。

Michael又开始登上“鸟类”网站Europeangoldfinch.net想获取其他人的消息。结果发现了有人发出知道Sara的消息，要与其见面。结果在海边和Michael见面的人是Mahone，Mahone告诉他，他和Whistler只是为了打入敌人内部，那个电子储存卡有公司的所有信息。

接着Whistler又和他俩见面，他告诉Michael，Sara还活着。但是接下来Whistler被公司派来了的杀手Wyatt突然射杀了，并且从他身上拿走了电子储存卡。他将储存卡交给了公司老板，老板则吩咐他接下来要清理一个个相关的人。

马宏家破人亡

T-Bag和Sona监狱老大Lechero（上季最后被他杀掉了）的马子温存，之后他拿起那本鸟书，又重新上路了。

Mahone和他老婆通过电话深情了聊了聊。

巴拿马，Lincoln、Sofia和LJ三人在逛街，结果遇到一个追杀分子，最后****走火，Lincoln误杀了这个人，Lincoln也被赶来的警方捉拿。

Mahone老婆家被杀手Wyatt闯入，并且开始动手了。之后，警察出现在她的家附近，并且对赶来的Mahone说，他不希望进去，看来他老婆孩子被害无疑。

迈莎重逢 长久温存

Michael开始打电话寻找Sara的消息，不过被警察认出，在审讯室，他碰到一个FBI特工Donald Self，Donald希望他能对抗公司，这样他能解决他的自由问题，而且Lincoln在巴拿马被拘，暂时也在他控制之下。

Sucre在医院见到了女友和新生的孩子，但又碰到了警察，这次他和Bellick一起被抓住了。

Michael和Lincoln继续和Donald讨论对决公司的计划。接下来，Michael终于被带到了Sara的住处，并且有了长久的温存。之后Michael看到了Sara背后曾受公司的人拷打的伤痕。但接下来他和Sara又险被杀手Wyatt开枪击中。显然他们和公司是你死我活的情况，Michael只能接受了Donald的条件。并且和Sucre、Bellick和Mahone见了面。商讨了复仇计划。

T-Bag在沙漠边缘被人打了劫，不过那本藏了很多细节的鸟书幸存了下来。

接下来Michael除去了身上那套纹身。最后Michael和众人一起登上了一架大型****运输机，准备飞往下一个地点。